庚子賠款,美國報賬名目和實際錢對不上,報了大約實際的3.5倍,當時的駐美公使梁誠與美國國務卿海約翰關于該問題提出了“退還賠款數額虛數的要求”,并交涉了三年,后來以庚子賠款的名目,來給當時的留美預科班,后來的清華大學的同學上學用,然而,這筆錢也并沒有實際給到清華大學,事實上仍然是把這筆錢存在花旗銀行,清政府也有沒有資格使用這筆款項,使用款項的監督者仍然是美國政府。
而后,清華大學建立,其各種款項大多源自于愛國人士捐贈,庚子賠款雖更名為清華基金,但是其使用仍然層層受到美國政府監管與審批,可謂層層受阻。后1949年,國民黨退到臺灣,梅貽琦前往美國掌握該筆資金,用該資金成立臺灣新竹清華大學,并籌建并籌辦清華原子科學研究所(前國立清華大學工程與系統科學系)。所以說清華大學其實跟庚子賠款的關系不大。