政府審計和注冊會計師審計的審計目標也存在差異。政府審計的主要目標是對政府部門的財務狀況和經濟活動進行監管和評估,檢查行政機關是否遵守法律法規、執行財政預算、進行收支管理,以及對政府的財政表現進行獨立評估。政府審計主要聚焦在政府行政機構,更加注重了政策和規章方面的實踐。
注冊會計師審計的主要目標是評估企業的財務狀況和經濟活動,確認企業的財務報表是否真實、準確反映了企業的財務狀況,并對企業內部控制制度的有效性進行評估。注冊會計師審計主要聚焦在企業,更加突出了企業的自愿性和獨立性,以及客觀、公正的原則。