這就要涉及到“正義與效率之間的關系”。
追訴時效的規定在《刑法》
第八十七條 【追訴時效期限】犯罪經過下列期限不再追訴：
（一）法定最高刑為不滿五年有期徒刑的，經過五年；
（二）法...
這就要涉及到“正義與效率之間的關系”。
追訴時效的規定在《刑法》
第八十七條 【追訴時效期限】犯罪經過下列期限不再追訴：
（一）法定最高刑為不滿五年有期徒刑的，經過五年；
（二）法定最高刑為五年以上不滿十年有期徒刑的，經過十年；
（三）法定最高刑為十年以上有期徒刑的，經過十五年；
（四）法定最高刑為無期徒刑、死刑的，經過二十年。如果二十年以后認為必須追訴的，須報請最高人民檢察院核準。
如果去翻看該法條的立法背景，非法學的知友們看到可能會感到有一些不適感
（1）對已經超過追訴時效規定期限的犯罪分子不再追究刑事責任，體現了我國懲罰與教育相結合的刑罰目的，有利于促使罪犯改過自新，重新回歸社會。犯罪人在實施犯罪后，較長時間內沒有再犯罪，說明其通過自我改造，已有改惡從善的表現，人身危險性已在一定程度上減弱，達到了適用刑罰所要達到的預防犯罪的目的，不致再危害社會，在這種情況下，追究其刑事責任就失去了實際意義。
（2）從案件追究角度看，規定追訴時效有利于督促司法機關及時辦理案件，自訴人在法定期限內及時提起自訴，防止案件無限期拖延。同時，陳年舊案往往證據損毀滅失，難以查清，給偵查、起訴和審判工作帶來困難，對符合條件的案件，規定不再追訴，也有利于司法機關集中資源和精力辦理當前案件，提高辦案效率，有效地發揮司法機關的作用。
（3）從社會關系修復角度看，時過境遷，一定時間以后被犯罪所侵害的社會關系趨于穩定，被害人的感情逐漸平息緩和，犯罪人形成了新的社會生活和社會關系，這種情況下，如果對符合條件的案件采取不再追訴的對策，可能更有利于化解社會矛盾，使已改過自新的罪犯放下包袱，安心生活和工作，促進社會和諧。如果在已經經過較長時間，追究必要性已經不大的情況下，仍嚴格予以追訴，反而可能導致社會矛盾再次引發，破壞已經恢復的社會平靜，總體上并不一定有利于社會秩序安定。
上述的三段話，看似站在了犯罪人的角度，保護了犯罪人的利益，也看似為了追求效率，從而放棄了正義。
但這種理解其實存在一定的誤區。要掌握該法條還需要結合其他的條款及理解刑法的證明規則。
刑法的證明規則：
《中華人民共和國刑事訴訟法（2018修訂）》
第五十五條 對一切案件的判處都要重證據，重調查研究，不輕信口供。只有被告人供述，沒有其他證據的，不能認定被告人有罪和處以刑罰；沒有被告人供述，證據確實、充分的，可以認定被告人有罪和處以刑罰。
證據確實、充分，應當符合以下條件：
（一）定罪量刑的事實都有證據證明；
（二）據以定案的證據均經法定程序查證屬實；
（三）綜合全案證據，對所認定事實已排除合理懷疑。
為什么要嚴格規定證明規則？
為什么必須排斥合理懷疑？
這樣的規則設定是為了保護被告人，也是在保護你我，否則屈打成招、冤假錯案必將泛濫。
理解了這條規則，我們在看那些案發后沒有被發現，且已經過了訴訟時效的案件。這些案件當初沒人發現，更不必談調查取證，時隔五年、十年、十五年、二十年，即使案件在被翻出來，還能調查到可靠證據？證據能否形成證據鏈？又達到合理排除懷疑的程度？
哪怕你我都知道，面前的這個人就是當初的那個「壞人」，那能否為了追求個案的實體公正，突破規則的限制？
如果能突破，誰來決定突破規則的限制？
面對復雜的社會運行，法作為一種抽象規則，必須穩定，如果有人可以隨意突破規則，則個體的日常生活沒有明確的預期，社會也將混亂。
所以證據的搜集困難決定了如果過了訴訟時效，則不在追究其刑事責任。
這是為何要選擇效率的原因。
但選擇效率就一定會放棄公平正義嗎？非也！
刑法也許保護了部分知錯就改之人，但屢次三番觸犯刑法，故意逃避刑罰之人，法律也不會饒恕。
《刑法》：
第八十八條 【追訴期限的延長】在人民檢察院、公安機關、國家安全機關立案偵查或者在人民法院受理案件以后，逃避偵查或者審判的，不受追訴期限的限制。
被害人在追訴期限內提出控告，人民法院、人民檢察院、公安機關應當立案而不予立案的，不受追訴期限的限制。
第八十九條 【追訴期限的計算與中斷】追訴期限從犯罪之日起計算；犯罪行為有連續或者繼續狀態的，從犯罪行為終了之日起計算。
在追訴期限以內又犯罪的，前罪追訴的期限從犯后罪之日起計算。
第八十八條將過時效不追訴的情形限定在：僅案發后無人發現。即只要司法機關已經介入，即使逃到天涯海角，依舊不受追訴期限的限制。
第八十九條明確指出屢次犯罪哪怕前罪已經快過了追訴期限，也將重新計算，被抓到后依舊會數罪并罰。
這兩條規定體現了司法追求正義的決心。
舉個例子：
張三在二十年前犯過殺人罪，但是沒人發現，而二十年后才被人發現，這時候是不是就不能起訴張三了？
故意殺人罪最高可判處死刑，如果二十年以后認為必須追訴的，報請最高人民檢察院核準。
《人民檢察院刑事訴訟規則》
第三百二十一條 須報請最高人民檢察院核準追訴的案件，公安機關在核準之前可以依法對犯罪嫌疑人采取強制措施。
公安機關報請核準追訴并提請逮捕犯罪嫌疑人，人民檢察院經審查認為必須追訴而且符合法定逮捕條件的，可以依法批準逮捕，同時要求公安機關在報請核準追訴期間不得停止對案件的偵查。
上述規定表明：報請最高檢核準的過程并不影響公安機關的偵查。也就是說，此類案件，一旦發現，司法機器便已開始運轉。只要證據達到排除合理懷疑的標準，張三也必將受到刑法的懲罰。
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